Se define como «disbiosis» cualquier cambio cuantitativo o cualitativo en la composición de la microbiota residente en nuestro organismo en relación a la que existe en un individuo sano. Estos cambios en la organización de la microbiota pueden ser responsables de respuestas erróneas del Sistema Inmunológico. Las alergias y sensibilidades alimentarias pueden ser un componente importante en enfermedades graves como la artritis, el síndrome de fatiga crónica, la fibromialgia, enfermedades autoinmunes intestinales entre otros, donde la exposición crónica a los alérgenos puede exacerbar la patología y obstaculizar los procesos de curación del cuerpo. 

El tracto gastrointestinal es la zona de nuestro organismo más expuesta a antígenos externos. Por esta razón, resulta esencial que el Sistema Inmunológico que actúa en este lugar lo haga de manera regulada y precisa, siendo capaz de crear tolerancia frente a antígenos ingeridos en la dieta, mientras reconoce y pone en marcha una respuesta adecuada frente a agentes externos que puedan ser nocivos. La microbiota juega un papel esencial en este proceso inmunológico. 

En modelos animales se ha visto que la función de algunas células del sistema de defensa se ve comprometida cuando no existe la flora residente habitual y que se puede restablecer cuando es restaurada. También se ha demostrado que estos microorganismos residentes pueden reducir procesos inflamatorios locales en el lugar donde se encuentran y contribuir a mantener la función de barrera tan necesaria, por ejemplo a nivel intestinal con el fin de evitar infecciones bacterianas y enfermedad inflamatoria intestinal. 

Actualmente se puede hacer un estudio completo de disbiosis intestinal mediante técnicas de laboratorio a partir de una muestra de heces y de sensibilidad alimentaria mediante biorresonancia.